戰略性新興產業代表著科技創新和產業發展的方向，與傳統產業相比，戰略性新興產業具有技術與市場深度融合、跨領域高度交叉的特征。黨的十八大提出，要堅持走中國特色自主創新道路，以全球視野謀劃和推動創新，提高原始創新、集成創新和引進消化吸收再創新能力，更加注重協同創新。這為戰略性新興產業創新發展指明了目標和方向。當前和今后一個時期，深化戰略性新興產業協同創新要從以下4個方面開展。
　　
　　頂層設計
　　
　　多維構建協同創新機制
　　
　　從戰略協同、制度協同、組織協同、資源協同、產業協同5個方面構建戰略性新興產業協同創新機制。戰略協同要求建立聯動機制，做好戰略性新興產業協同創新的頂層設計。制度協同是對戰略協同的落實和細化，政府部門在戰略框架下系統制定相關政策，明確和厘清各類創新主體在協同創新中的職能和邊界，政策扶持和資金投入要結合各主體的組織特性有的放矢，加強資金使用規范，提高政府投資效益。組織協同強調創新活動要圍繞產業價值創造目標，動員多主體共同從事創新活動，要突出市場導向，充分激發合作主體創新動力，同時，要突出創新鏈協同，加大基礎研究和產業共性技術研發投入，以期從創新源頭觸發突破性創新。資源協同要求突破組織間壁壘，實現人才流、信息流、資本流和知識流的無縫對接。產業協同要求依據戰略性新興產業之間的關聯性，實現產業之間的對接。
　　
　　因“業”制宜
　　
　　合理選擇協同創新模式
　　
　　一般而言，協同創新具有企業主導型等5種模式：一是企業主導型協同創新模式。一般是市場拉動型創新，創新動力和投資主要來源于企業，由企業主導創新流程，吸納大學或科研院所的科研力量合作創新。二是高校或科研院所主導型協同創新模式。一般是技術推動型創新，由高校或科研院所主導，將自身創新技術成果商品化和產業化，可分為高校以自有成果組建公司或以技術入股等方式進行技術創業，以及高校將成熟技術向企業轉移。三是政府主導型協同創新模式。政府發揮其決策指揮、協調管理及信息互換服務等功能，推動各參與主體緊密結合，適合需要政府提供較多的配套環境、政策支持的產業。四是基于協同平臺的協同創新模式。以大型科學儀器設備共享平臺、公共技術研發平臺、公共檢測試驗平臺和高技術研發機構、高技術轉移中心和孵化基地等為載體和紐帶，形成完整的技術鏈、資金鏈、服務鏈進行協同創新。五是基于產業鏈的協同創新模式。圍繞產業鏈，針對關鍵技術節點進行協同創新，開展關鍵技術和共性技術攻關，從產業關聯的角度，實現整體性、戰略性、長期性的協同創新。
　　
　　以上五種模式中，前三種模式強調協同創新主體核心，后兩種模式強調協同創新載體。每種模式都有其適應范圍，戰略性新興產業應當根據技術特點、創新環境和創新階段的不同，靈活選擇創新模式。
　　
　　夯實基礎
　　
　　加快建設協同創新平臺載體
　　
　　充分整合各類已有的創新平臺，建立和夯實資源開放共享機制，避免重復投資，實現戰略性新興產業創新要素的高度融合。應以重點企業、高等院校和科研院所為主體，建設以新產品、新工藝研發為主的工程（技術）研究中心、工程（重點）實驗室、企業技術中心等；構建面向行業產業的協同創新中心，以工程技術學科為主體，以培育戰略性新興產業和改造傳統產業為重點，通過高校與高校、科研院所，特別是與大型骨干企業的強強聯合，支撐我國行業產業發展的核心關鍵技術和高端產品的研發；依托國家高新技術產業基地、專業園區和特色產業基地等，有效匯聚區域內各種創新要素，建設重大技術開發平臺。
　　
　　多策并舉
　　
　　完善協同創新服務體系
　　
　　要建立支持協同創新的科技金融體系，創新金融服務科技的方式和途徑，引導銀行、證券、保險、信托、投資、擔保等機構廣泛開展適應協同創新需求的金融創新，協同支持新興產業重大項目、創業投資和成果孵化，進一步完善和推進科技保險工作，通過財政風險補償轉移機制，鼓勵各類擔保機構加大力度為協同創新主體提供擔保服務，有效預防和化解協同創新風險。
　　
　　要健全協同創新信息服務體系，構建多層次、綜合性的創新信息發布和交易平臺，培育多種類型和層次的創新信息中介服務機構，提供專業服務，進一步健全和完善科技信息庫的建設。
　　
　　要促進創新成果知識產權化，深入實施知識產權戰略，強化協同創新的知識產權導向，建立知識產權評議和預警機制，促進知識產權向現實生產力轉變。
　　
　　要完善技術要素參與收益分配政策，實施協同創新專利成果轉化獎勵制度，大力培育知識產權服務業，提升知識產權創造、運用、保護和管理能力，鼓勵各協同創新主體主導或參與制定戰略性新興產業重大技術標準，增強在國際標準領域的影響力和話語權。